Lịch sử của những cuộc can thiệp chính trị vào việc bầu chọn này và hậu quả của những lần thiếu vắng giáo hoàng trong một thời gian dài, nhất là những sự cố trong cuộc Bầu giáo hoàng 1268-1271, đã khiến Công đồng Lyons thứ hai ra quyết định vào năm 1274 rằng các cử tri phải giữ ở một nơi tách biệt, và không được phép rời khỏi nơi đó cho đến khi một vị Giám mục Roma mới được bầu ra.[8] Mật nghị giờ đây được tổ chức tại nhà nguyện Sistina trong Lâu đài Vatican.[9]

Giáo hoàng Grêgôriô X đã công bố tông hiến "Ubi pericolo",[7] thiết lập "mật nghị hồng y" (Conclave). Từ này theo nghĩa La tinh là Cumclave, nghĩa là "với chìa khóa". Qua đó muốn nhấn mạnh đến việc giữ bí mật về tất cả những diễn tiến xảy ra kể từ khi các hồng y được thông báo về cái chết hoặc thoái vị của giáo hoàng, cho tới khi bầu chọn được giáo hoàng mới[10]. Thuật ngữ này được sử dụng chính thức đầu tiên vào năm 1216, trong hoàn cảnh các hồng y đã chọn lựa tân giáo hoàng, lấy danh hiệu là Hônôriô III.[7] Những quy định được đặt ra vô cùng tỉ mỉ lẫn nghiêm ngặt: 10 ngày sau khi giáo hoàng qua đời, các hồng y phải nhóm họp trong cùng dinh Tông Tòa nơi giáo hoàng qua đời, hoặc tại một thành phố khác, tùy theo hoàn cảnh, trong một phòng duy nhất, không có tường cũng chẳng có màn phân chia. Các hồng y buộc phải sống chung, không thể ra ngoài, cũng không được tiếp xúc với bên ngoài, không được nói bí mật với hồng y nào khác. Những chìa khóa nơi mật nghị phải được vị hồng y nhiếp chính giữ ở bên trong, và những chìa khóa bên ngoài do vị tư lệnh đội binh giữ. Thực phẩm được chuyển vào bên trong mật nghị qua một cửa sổ quay được canh giữ và kiểm soát cẩn mật để không một sứ điệp nào được chuyển qua cửa này. Nếu sau 3 ngày mà các hồng y không bầu được giáo hoàng mới, thì trong 5 ngày kế tiếp, các hồng y chỉ được một đĩa thực phẩm trong bữa ăn trưa và một đĩa trong bữa ăn tối; sau 5 ngày ấy, các hồng y chỉ được bánh, nước lã hoặc rượu mà thôi.[7]

Các vị cử tri không thích quy định này, cho nên Giáo hoàng Ađrianô V đã tạm đình chỉ nó vào năm 1276 và Giáo hoàng Gioan XXI chính thức bãi bỏ vào cùng năm.[11] Từ đó tình trạng bầu cử chậm chạp một lần nữa xuất hiện. Thánh Giáo hoàng Cêlestinô V, đã liên tiếp cho công bố 3 sắc chỉ (Quia in futurum, 28.9.1294; Pridem 27.10.1294; Constitutionem 10.12.1294) tái lập các quy luật về mật nghị bầu giáo hoàng.[12] Từ đó đến nay, các quy luật về mật nghị luôn luôn được tuân giữ tuy có một số thay đổi để thích nghi với thời đại đan xen với kinh nghiệm của các hồng y.[7]

Trong thế kỷ XX, nhiều giáo hoàng đã sửa chữa luật bầu cử với những quy định ngày càng chính xác và tỉ mỉ:[7]

Với Tông Hiến "Vacante Sede Apostolica", Tông tòa khuyết vị,[13] ngày 25 tháng 12 năm 1904, Thánh Giáo hoàng Piô X đã tập hợp các quy luật từ trước đó vào một văn kiện duy nhất. Lần đầu tiên trong lịch sử, giáo hoàng này ra tuyên bố nghiêm cấm bất kỳ sự can thiệp nào của chính quyền dân sự vào mật nghị chọn giáo hoàng.

Năm 1975, Giáo hoàng Phaolô VI ban hành Tông Hiến "Romano Pontifici eligendo", Bầu chọn giáo hoàng.[14] Văn kiện này được bổ sung và sửa đổi bởi Tông hiến "Mục tử của toàn thể đoàn chiên Chúa" do Thánh Giáo hoàng Gioan Phaolô II ban hành năm 1996.

Gần đây nhất là trường hợp Giáo hoàng Biển Đức XVI ban hành 2 tự sắc vào năm 2007 và ngày 22 tháng 2 năm 2013 thay đổi vài điểm trong Tông hiến của vị tiền nhiệm.